A Igreja da Misericórdia, como o próprio nome indica, pertence à santa Casa da Misericórdia de Mora, datada de 1575, embora a primeira missa só tenha acontecido em 1581.
Encontra-se dentro do perímetro urbano da vila, sendo o seu acesso feito por uma escadaria na fachada principal, que dá para o lardo do Terreiro da Misericórdia.
Insere-se na arquitetura religiosa quinhentista.
Ao longo do tempo, foi sofrendo algumas alterações, sendo a mais importante em 1936, quando foi erguida uma torre que deu lugar ao Campanário lá existente.
Em 1942, essa torre foi demolida, e novamente reconstruída, mas com tijolo, ficando mais alta que a anterior.
Esta igreja é utilizada esporadicamente numa festa religiosa, servindo como capela funerária aos Irmão da Misericórdia.